La Commune doit, sans doute, son nom à une tradition ancienne d'élevage : Villie-les-Boveres : village où l'on élève les bœufs. On appelle couramment les habitants de Villy-le-Bouveret : Lou Favis - Les Favis : les mangeurs de fèves (document de 1890)
Mangeurs de fèves dans un village où on élève des bovins : éléments pris comme en-tête de la commune en 1990 et repris sur un pin's en 1992 par l'Association du Cercle Rural qui a fêté ses 75 Ans. C'est le blason de la commune.
« On y cultive surtout le froment, l'avoine et le sainfoin et l'on y récolte quantité de pommes et de poires à cidre. Quelques particuliers se mettent à faire de l'apiculture. En fait d'industrie, nous ne pouvons que citer que les moulins FALCONNET sur les Usses, le moulin TISSOT au confluent du Verey et les forges SUBLET. » (Dictionnaire des Communes 1904).
Villy-le-Bouveret a été longtemps liée à Menthonnex-en-Bornes. Elle dépendait en majeure partie de la Seigneurie de TURCHET (Menthonnex) ; par contre, Menthonnex-en-Bornes appartenait à la paroisse de Villy-le-Bouveret jusqu'en 1701.
Villy-le-Bouveret est l'une des plus petites communes françaises à être jumelées avec un village allemand en 1984, Gutenberg, (jolie montagne ) à 7 kms à l'Ouest de Bad-Kreuz-Nach et à 35 kms à l'Ouest de Mayence dans le Rhein-Land.
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